Le massif karstique de La Clape est constitué d’un ensemble de collines séparées par des vallons souvent encaissés et bordés d’escarpements rocheux originaux qui accueillent, outre une avifaune rupestre intéressante, des cavités hébergeant des populations de chauves-souris.
Ses qualités écologiques remarquables lui ont permis d’intégrer le réseau Natura 2000 au titre des deux directives européennes puisque des enjeux de conservation concernent la Directive « Habitat, Faune, Flore » mais également la Directive « Oiseaux ».
L’intérêt majeur du site tient dans ses milieux rupestres (milieux rocheux) avec des associations végétales caractéristiques et riches. C’est dans cet habitat naturel que se développe la Centaurée de la Clape (Centaurea corymbosa), espèce endémique très rare et localisée à cet unique massif et que se reproduisent des espèces avifaunistiques particulièrement remarquables : Aigle de Bonelli (seulement une trentaine de couples en France) et le Grand-Duc d’Europe. Enfin, le massif est reconnu pour les nombreuses espèces de chauves-souris qu’il abrite (18 espèces parmi les 29 espèces présentes en région). La grotte des Auzils est particulièrement fréquentée par plusieurs espèces dont le Minioptère de Schreibers ou le Murin de Capaccini).
D’autres habitats présentent également un grand intérêt, les milieux ouverts (garrigues à romarin, juniperaies et pelouses) d’une manière générale, mais aussi les pinèdes gruissanaises pour lesquelles un riche cortège floristique d’espèces thermophiles les accompagne. En pied de falaises exposées au sud, on trouve des formations de dunes en bon état de conservation et très riche sur le plan de la flore patrimoniale.
L’alouette lulu, la Fauvette pitchou, l’Engoulevent d’Europe, le Rollier et le Bruant ortolan nichent également dans le massif.
D’autres espèces sont également régulièrement observées en passage en effectifs importants : les cigognes blanches (Ciconia ciconia), cigognes noires (Ciconia niger), et guêpiers d’Europe (Merops apiaster).